Учреждение было создано как поликлиническое отделение 2 ЦВКГ МО СССР имени П.В.Мандрыка 22 ноября 1946 года. В 1954 г. оно было переведено на самостоятельный штат и получило название «3 Центральная поликлиника Министерства обороны СССР». В дальнейшем Учреждение было преобразовано в 3 Центральную консультативно-диагностическую поликлинику, а в 1995 г. –  в 9 лечебно-диагностический центр МО РФ.

На декабрь 2014 г. Учреждение имеет штатную численность более 2 тысяч должностей. Оно расположено в специально построенном для него восьмиэтажном  здании по адресу: г. Москва, Комсомольский проспект,  и относится к многопрофильным специализированным лечебным учреждениям Минобороны России. Укомплектованность высокоподготовленными медицинскими кадрами, оснащенность уникальным и современным лечебно-диагностическим оборудованием, спектр консультативно-диагностической помощи позволяют отнести его к ведущим амбулаторно - поликлиническим учреждениям не только Министерства Обороны, но и Министерства здравоохранения Российской Федерации.

Основным содержанием деятельности Учреждения является оказание медицинской помощи военнослужащим, военным пенсионерам и членам семей этих контингентов, а именно:

- первичной доврачебной медико-санитарной помощи,

- первичной врачебной медико-санитарной помощи,

- первичной специализированной медико-санитарной помощи;

- специализированной медицинской помощи, в том числе в стационарных условиях.

В состав Учреждения входят:

■ лечебно-диагностический центр (Комсомольский проспект);

■ поликлиника (ул. Бол. Пироговская) (бывшая 25 ЦП ВВС);

■ поликлиника (Комсомольский проспект) (бывшая 17 ЦП МО РФ, в настоящее время находится на находится на реконструкции);

■ стоматологическая поликлиника (ул. Бол. Пироговская)                         

■ хирургический стационар краткосрочного пребывания (ул. Бол. Пироговская);

■ детская поликлиника (Комсомольский  проспект)    

■ консультативно-диагностическая поликлиника (ул. Бол. Филевская) (бывшая 75 КДП КСпН ВВС).

К основным подразделениям лечебно-диагностического центра относятся два лечебных отдела (хирургический и терапевтический) и диагностический отдел.